במשך שנות קיומו הוציא “מוסד הרב קוק” למעלה מ-2000 ספרים בכל מקצועות היהדות, ספרים שהפכו לנכסי צאן ברזל לארון הספרים היהודי וכמעט ואין ספריה ביתית שאין בה מספרי “מוסד הרב קוק“. בין הספרים הרבים ראוי לציין את המפעלים הגדולים: מקראות גדולות “תורת חיים” פירושי הראשונים על חמשה חומשי תורה 7 כרכים, “דעת מקרא” פירוש מדעי תורני לנ”ך 30 כרכים, כתבי הרמב”ם: “רמב”ם לעם” 20 כרכים, “פירוש המשנה” 3 כרכים, “כתבים רפואיים” 4 כרכים, “אגרות הרמב”ם”, “ספר המצוות”, “ילקוט שמעוני”, “חידושי הריטב”א” על הש”ס 20 כרכים, “חידושי הרשב”א” על ש”ס 17 כרכים, “חידושי הר”ן” על הש”ס 8 כרכים, “תוספות הרא”ש” על הש”ס 8 כרכים, כל כתבי הראי”ה קוק זצ”ל 19 כרכים, “ערוך השלחן העתיד” 8 כרכים, כתבי הרב הרצוג ועוד.