בספרו עבודת הקודש, פורס הרב את הדוקטרינה המלאה של תורת הקבלה. את דבריו בעניין זה חילק לארבעה נושאים עיקריים: אחדות ה', עבודת ה' המוטלת על האדם, מטרת קיומו של האדם ביקום וביאור על היבטים אזוטריים בתורה (בו מתמקד רבות בתיאורי מעשה בראשית המצויים בספרבראשית).חלק התכלית והחלק הרביעי, חלק סתרי תורה.
יצירה חשובה זו חוברה על-ידו בין השנים 1523-1531[4], והיא מהווה ככל הנראה את הסיכום המקיף ביותר של תורת הקבלה שקדמה למקובלי צפת, והוא נחשב עד היום כאחד הספרים הפופולריים על הקבלה.
בספר זה מרבה הוא להתפלמס עם קודמיו בתורת הקבלה, ביניהם ר' עזריאל מגירונה ור' שם טוב ביבאגו. נדפס לראשונה ב-1566-1568 תחת השם "מראות אלוקים", דבר המתיישב יפה עם כך שאבן גבאי היה אחד התומכים המובילים בדעה כי הספירות הן מהות האלוהות.
על מחבר הספר
רבי מאיר בן יחזקאל אבן גבאי, מכונה ר' מאיר ן' גבאי (1480 - 1540), היה מחשובי המקובלים בתקופת גירוש ספרד. מחבר ספרי קבלה חשובים, ביניהם "עבודת הקודש" ו"דרך אמונה". מעט ידוע על חייו.