סט ספרי מדרש רבה המבואר חובר לוקט ונערך על ידי "מכון המדרש המבואר". מלבד הביאור עצמו, מכיל מדרש רבה המבואר כלים נוספים להעשרת הלימוד. סדרת מדרש רבה המבואר כוללת 17 כרכים בכריכה דמוית עור: בראשית 4 כר', שמות 2 כר', ויקרא 2 כר', במדבר 3 כר', דברים 1 כר' רות - אסתר, איכה, קהלת, שיר השירים 2 כר'.
מבנה העמוד במדרש רבה המבואר
הדף במדרש רבה המבואר מכיל את לשון המדרש בראש העמוד – מחולק לפסקאות ומנוקד, ומתחתיו מופיע הביאור, המצרף ומכיל בתוכו את הפירושים השונים שנכתבו במשך הדורות, ואשר מתוכם נבחרו אלו הקרובים ביותר להסבר הפשט. הקריאה בביאור קלה ונוחה והוא מאפשר גם למי שחסר כל ניסיון בלימוד מדרש לקרוא, להבין ולהעמיק. מלבד הביאור עצמו, מכיל מדרש רבה המבואר כלים נוספים להעשרת הלימוד.
בתחילת כל ספר מופיע מפתח נושאים מפורט, המכיל את כל הנושאים המרכזיים והמשניים בהם עוסק המדרש. בסוף כל ספר מופיעים ביאורים נוספים, הסברים שונים והרחבות עיוניות מפרשנים נוספים. בנוסף על כך, מופיע על הדף המדור 'מסורת המדרש', המכיל הפניות למראי מקומות במרחבי ספרות חז"ל, תוך סימון מיוחד המבדיל בין הפניות למקורות מקבילים ובין הפניות למקורות המציגים את הדברים בדרך אחרת.